Peetakse kohustuslikuks alustada igat aatomite käsitlust austusavaldusega Demokritosele Abderast, filosoofile, kes elas 5. sajandil e.Kr. Tavaliselt klassifitseeritakse teda küll kui Sokratese-eelset filosoofi, kuid tegelikult elas ta Sokratesest kauem. On teada, et tema tööd hõlmavad peaaegu sama laia teemaderingi kui Aristotelese omad. Kahjuks on tema kirjatöödest säilinud üksnes katkeid ja tema ideid tunneme eeskätt Aristotelese ja teiste vaimustatud kommentaaride järgi. Nende kaudu ta ongi saanud kuulsaks kui aatomi isa. Tema andis aatomile ka nime, kreeka sõna "jaotamatu", "katkilõikamatu".

Platon võttis aatomi omaks samuti kui Epikuros, ühe teise kreeka filosoofia mõjuka koolkonna rajaja. Sõna "koolkond" võib siin võtta kõige otsesemas mõttes: need filosoofid olid ühtlasi õpetajad, kes rajasid sajandeiks püsima jäänud õppeasutusi, mis koolitasid Kreeka ja hiljem Rooma eliitnoorsugu. Rooma filosoof- luuletaja Lucretius tegi Demokritose atomismi surematuks oma laia lugejaskonna ning mõjuga raamatus De Rerum Natura. Antiikmaailmas oli aatom laialt (kuigi mitte üldiselt) tunnustatud.

Mõte aatomeist oli mitutpidi paeluv. Peamine oli see, et tema kaudu sai seletada, miks aine on muundatav, kuid mitte uuesti loodav või hävitatav. Mitte miski ei tule mitte millestki ja miski ei kao jäljetult. Aatomeid võib küll ümber korraldada, kuid nad püsivad igavesti.

Õpetlasele, kes seisab silmitsi looduse muutlikkuse ja keerukusega, andis atomism lootust. Ehk on loodus oma pisimõõtmeis hoopis paremini korras kui päevast päeva kogetu. Ja võib-olla on selle segadiku all hoopis lihtsam tegelikkuse tasand ning tajutav möll esindab üksnes müriaadide pisiosakeste paigutuse ääretut mitmekesisust.

Kuid atomismil oli algusest peale ka kritiseerijaid. Kõige enam paistis välja Anaxagoras, Demokritose vanem kaasaegne, kes küsis, millest need aatomid siis tehtud on. Kui nad on lihtsalt mingi pideva aine pisitükid, peaks hoopis too aine pakkuma suuremat teaduslikku huvi. Ka enamik tellisseina omadusi johtub põletatud savist, millest tellised tehtud, mitte nende suurusest või kujust. Alternatiiviks oli, et aatomitel on veelgi väiksemaid koostisosi, neil omakorda pisemaid, mi et kujuneb lõputu ahelik "seemneid seemnetes", nii et lihtsus jääbki illusiooniks, mida aiva otsitaks kosmilise sibula üha uutest kihtidest.

Sellest küljest ei paistnudki aatomid enam nii paeluvad. Ja nüüdisteadlastel, olgugi et nad usaldavad aatomeid, jääb üle vaid möönda, et siiamaani on atomismi ajalugu jälginud truult Anaxagorase teist stsenaariumi.

Kuid atomismi ei saatnud ebasoosingusse mitte taolised argumendid, vaid hoopis kristluse tõus. Fanaatilistele kirikuisadele oli vastuvõtmatu Epikurose ja Lucretiuse tolerantne ja skeptiline maailmavaade, ja kuna atomism seostus nende nimedega, langes seegi ebasoosingusse. Edasi, mõned kristlikud teoloogid nägid aatomite kestvas muutumatuses ohtu transsubstantsioonile, armulaua imele, milles leib ja vein pidid muutuma sõna tõsises mõttes Kristuse lihaks ja vereks.

Nõnda peetigi keskaja kristlikus maailmas atomismi lausa ketserluse õeks. Ometigi polnud ta kunagi ka sootuks maha surutud, sest seletas kvalitatiivselt rahuldavalt mitmeid aine lihtomadusi. Kõige edukamalt seletas ta aine kolme faasi, gaasilise, vedela ja tahke omadusi. Tahkise jäikus näitab, et temas on aatomid kõvasti üksteise külge haakunud. Vedelikus on nad küll lähestikku, kuid võivad vabalt ringi liikuda. Seepärast võtavadki vedelikud anuma kuju, ent neid on sama raske kokku suruda kui tahkiseid. Lõppude lõpuks võib gaas paisuda täitmaks mistahes anumat, sest tema aatomid on hajali ja kiires liikumises. See pilt on tänaseni jõus.

Nii Galilei, Descartes kui ka Newton olid atomistid, kuigi tegid vähe selle arendamiseks. Atomismi esimeste tõsiste katsekinnituste leidmine langes osaks XIX sajandi alguse keemikutele. Väheke liialdades võib öelda, et aastal 1800 oli aatomiteooria midagi, millesse füüsikud uskusid, kuid ei suutnud tõestada, kuna keemikud tõestasid, aga ei uskunud. Seepärast teeme siinkohal põgusa kõrvalepõike keemiasse.